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原核转录组测序是基于HiSeq平台,构建链特异性文库,研究原核生物在某个时期或某种环境条件下转录出来的所有mRNA,从基因序列水平和表达水平来获得原核生物在某个时期或者在某种环境条件下所有的序列信息。由于原核生物mRNA没有polyA尾结构,需要去除rRNA的特点,针对不同的物种采取有效的方法去除rRAN,保证数据量。

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圣庭生物为您提供全面的转录组学研究方案。从样本制备、建库测序、生物信息学分析到后期数据解读,通过一站式的专业服务,让您更好地专注于科学研究。

1、成熟、稳定的实验流程保障实验结果的可重复性;

2、强大的超级计算平台搭配经验丰富的的生信分析专家团队;

3、从实验方案设计到后期数据挖掘,全面助力您的科学研究。

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样本类型:去蛋白并经过Dnase处理的总RNA;

RNA样本总量:≥5 μg

RNA浓度: ≥200 ng/μL

RNA纯度: OD260/280=1.8-2.2,OD260/230 ≥2.0;RIN ≥7.0;

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案例1:

在不同环境饥饿处理下炭疽杆菌CodY转录因子调节的差异

Changes in Bacillus anthracis CodY regulation under host-specific environmental factor deprived conditions


研究材料

分别在完全培养基、缺乏Fe、CO2、葡萄糖的培养基中培养的炭疽杆菌野生型和CodY突变体。

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对上述样本进行高通量转录组测序(RNA-Seq),并采用qPCR验证一些基因的表达水平,采用染色质免疫共沉淀检测候选基因是否被CodY直接结合。

研究结果

野生型和CodY突变体,在不同环境饥饿处理下,基因表达模式都会发生改变,其中有一些基因只受环境调节,另一些受CodY调节; 在铁饥饿环境下,铁稳态基因的表达与CodY无关,而铁转运蛋白和氨基酸合成基因的表达依赖于CodY的调节;在葡萄糖饥饿环境下,虽然CodY在代谢调控中有重要的作用,但是代谢相关基因的表达与CodY无关;响应CO2的基因的表达与CodY相关,这些基因的高表达依赖于CO2的浓度。作者推测,CodY的调节可能是层级的,并且与其他转录因子和环境因素相互作用。

图1. 炭疽芽孢杆菌 34 F2和BCD22响应饥饿处理的差异表达基因

图2. 炭疽杆菌应对环境因子的可能的调控示意图

参考文献

Kim S. K., Jung K. H., Chai Y. G., et al. Changes in Bacillus anthracis CodY regulation under host-specific environment fact or deprivedconditions. BMC Genomics, 2016, 17:645.

常见问题


Q 原核转录组为什么要构建链特异性文库?

由于原核生物的基因组中存在大量基因重叠区域、操纵子及多顺反子,所以转录组数据分析比真核难度要高很多,我们公司在细菌基因组和转录组数据分析方面有丰富的项目经验。针对原核转录组,我们利用构建链特异性文库(NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina)能很好地区分来源于基因组正链和负链转录本,并进行TSS和TTS预测。

Q 原核转录组测序的基因饱和度分析是怎样的?

检测文库的基因饱和度,即对样本所有基因而言,随着测序数据量的增加,表达的基因数的变化情况。随机抽取10%、20%、30%…100%的测序数据,分别统计表达的基因数。该分析反映了基因表达水平定量对数据量的要求,表达量高的基因,就越容易被准确定量,反之,表达量低的基因,需要较大的测序数据量才能被准确定量。