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扩增子测序 是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS 测序及功能基因检测等。采用illumina MiSeq第二代高通量测序平台测定的16S/18S/ITS某个高变区域的序列, 来反映环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面物种之间的差异,对研究皮肤、口腔、肠道粪便等环境中的微生 物构成有重要的指导作用;同样,也可通过对某些功能基因片段的测序,挖掘更多的生物学信息。

16S rDNA 测序:16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列,具有10个保守区域和9个高变区域(下图,V1-V9),保守区在细菌间差异不大,高变区具有属或种特异性,对16S rDNA某个高变区进行测序,用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。

18S rDNA测序:18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。对18S rDNA某个高变区进行测序,用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。

ITS测序:ITS分为两个区域:ITS1和ITS2,ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1和ITS2进行测序,用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。

目标区域扩增子测序:根据客户的研究需求,利用第二代高通量测序技术,对某些目标基因的PCR产物提供测序及分析服务。

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常见环境样本(请使用干冰或冰袋运送)

土壤、淤泥、沉积物 ≥3 g ;粪便 ≥500 mg ;组织样本≥1 g; 水体送样为过滤后的滤膜(最适滤膜直径3-4 cm,孔径 大小一般选择0.22 μm或0.45 μm); 拭子样本≥2个

DNA或PCR产物(请使用干冰或冰袋运送)

DNA:浓度≥30 ng/ μl,总量≥1ug;DNA要有明显主带,无降解,无RNA、蛋白等污染。

PCR产物:浓度≥20 ng/ μl,总量≥400 ng,片段大小<450 bp,条带单一,无降解,无引物二聚体

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